Sistem pernafasan berfungsi untuk menyediakan suplai O2 dan mengeluarkan CO2 dari dalam tubuh.
Selain sukrosa yang merupakan bentuk senyawa organik utama yang ditrasportasikan di dalam tubuh tumbuhan.
Produk sampingan respirasi tersebut pada akhirnya dibuang ke luar tubuh melalui stomata pada tumbuhan dan melalui paru-paru pada peristiwa pernafasan hewan tingkat tinggi.
Untuk menstabilkan kembali, PS II akan mengambil elektron dari molekul H2O yang ada disekitarnya.